De Sint-Sebastiaanskerk staat op loopafstand van de abdij in het historische centrum van Stavelot. De bouw begon in 1750; in 1754 werd de kerk ingewijd. Ze verving een veel oudere kerk op dezelfde plek. De gevel is neoclassicistisch van stijl met barokke elementen, en de geïntegreerde toren heeft lichtgekleurd natuursteen in de hoekblokken. Van binnen contrasteert de kerk sterk met haar verweerde buitenkant: geel geschilderde wanden geven het interieur een lichte, ruime uitstraling.
Sint-Sebastiaanskerk
Het schrijn van Remacle
Hoewel de kerk aan de heilige Sebastiaan is gewijd, draait de hele binnenruimte eigenlijk om Remacle, de stichter van de abdij van Stavelot. In het koor staat het reliekschrijn van Sint-Remacle uit 1268, het enige object uit de ooit zo rijke abdijschat dat nog in Stavelot bewaard is gebleven. Het is een meesterwerk van de Rijnlands-Maaslandse edelsmeedkunst en bevat nog steeds de relieken van de heilige, die in 664 in Stavelot stierf. Alle andere kostbare stukken uit de abdijschat zijn na de plundering tijdens de Franse Revolutie over musea in binnen- en buitenland verspreid geraakt. Naast het Remaclusschrijn bewaart de schatkamer ook een bustereliekschrijn van de heilige Poppo uit 1626, diverse reliekschrijnen van de zeventiende tot twintigste eeuw en liturgisch vaatwerk en gewaden.
Het meubilair dateert grotendeels uit de achttiende eeuw, aangevuld met oudere stukken uit de voorgaande kerk en de abdij. De gotische doopvont in kalksteen rust op een lage zuil en dateert vermoedelijk van het einde van de zestiende eeuw; het deksel is van messing en dateert uit 1625. Een bewaarengel is het werk van de Luikse beeldhouwer Jean del Cour. Het orgel werd in 1841 geplaatst door Joseph Merklin op basis van een ontwerp van de Duitse orgelbouwer Wilhelm Korfmacher en in 1999 gerestaureerd door de plaatselijke orgelmakerij Thomas. De kerk staat op de lijst van het beschermd erfgoed van Wallonië.