De abdij van Saint-Hubert, officieel de abdij van Sint-Pieter in de Ardennen, werd in 687 gesticht door Bérégise, hofkapelaan van Pépin II van Herstal en zijn echtgenote Plectrude. De eerste gemeenschap vestigde zich op het plateau van Andage, midden in het Ardennenwoud. Na een periode van verval stuurde de bisschop van Luik, Walcaud, in 817 Benedictijnse monniken naar Andage om de gemeenschap te hervormen. In 825 werden de relieken van de heilige Hubertus overgebracht van Luik naar de abdij, waarna pelgrims toestroomden en de nederzetting rondom de abdij uitgroeide tot de stad Saint-Hubert. De abdij groeide uit tot een van de grootste Benedictijnse abdijen van West-Europa en oefende gedurende eeuwen gezag uit over tientallen dorpen en gehuchten in de streek. Tussen 825 en 1795 bestuurden 56 opeenvolgende abten dit territorium als een onafhankelijk kerkelijk vorstendom.

De abdij werd door de eeuwen heen meerdere keren geplunderd en verbrand. In 1568 vielen Franse hugenoten het complex aan, richtten grote schade aan in de kerk en verwoestten een deel van de kunstwerken. Telkens werd de abdij herbouwd. De kerk zelf werd gebouwd tussen 1526 en 1564. Het abdijkwartier naast de kerk werd tussen 1729 en 1731 volledig vernieuwd in klassieke stijl onder abt Célestin de Jong. Dit kwartier omvat drie vleugels rondom een binnenplaats met een siersmeedijzeren hek. De spijlen van dat hek stellen tien figuren voor die de tien maanden van de Romeinse maankalender.

In 1795 zette de Franse Revolutie de eigendommen van de abdij onder beslag. In 1797 werden de laatste monniken verdreven. De laatste abt, Nicolas Spirlet, vluchtte naar Montjoie en overleed daar een jaar later. De abdijkerk werd in 1797 publiek geveild en dreigde gesloopt te worden voor de verkoopwaarde van de bouwmaterialen. Tien inwoners van Saint-Hubert kochten het gebouw in 1808 en schonken het aan de stad. Het abdijkwartier kreeg na de Franse bezetting achtereenvolgens de functie van departementaal bestuurskantoor, rechtbank en gendarmerie. Vanaf 1962 huisvestte het gebouw het Rijksarchief van Saint-Hubert, dat er tot 2019 gevestigd bleef. Het paleis abbatial is eigendom van de Belgische staat en wordt beheerd door de Regie der Gebouwen. Plannen voor een nieuwe bestemming als brouwerij voor het abdijbier Sint-Hubertus en een whiskycentrum zijn in de maak.

Bij werken op het plein voor de basiliek in 2011 kwamen archeologische resten aan het licht die de bekende geschiedenis van Saint-Hubert met vier eeuwen verlengen. Onder het straatwerk werden de fundamenten van een Gallo-Romeinse villa gevonden die vermoedelijk al aan het einde van de derde eeuw werd verwoest. Daarnaast kwamen resten van het vroegste abdijgebouw en een middeleeuwse begraafplaats tevoorschijn. De contouren van de villa zijn nu zichtbaar gemaakt op het plein.